- ВД Директора Института
- Помоћник директора за здравствену делатност
- Помоћник директора за научноистраживачку делатност
- Помоћник директора за техничко-технолошки развој лабораторије
- Помоћник директора за систем квалитета
Центри
- Центар за промоцију здравља
- Саветовалиште за хив и полно преносиве болести
- Саветодавни рад у циљу престанка пушења
- Центар за анализу, планирање и организацију здравствене заштите
- Центар за информатику и биостатистику
- Одељење за биостатистику
- Одељење за информатику
- Центар за контролу и превенцију болести
- Одељење за контролу и превенцију заразних болести
- Одсек за болничке инфекције и имунизацију
- Одсек за дезинфекцију, дезинсекцију и дератизацију
- Одељење за контролу и превенцију незаразних болести
- Центар за хигијену и хуману екологију
- Одељење за хуману екологију, екотоксикологију и превенцију болничких инфекција
- Одељење за здравствену безбедност хране, предмете опште употребе и правилну исхрану
- Одељење санитарне хемије
- Одељење санитарне микробиологије
- Центар за микробиологију
- Одељење за бактериологију
- Одељење за паразитологију и микологију
- Одељење за вирусологију и имунологију
- Одељење за алергологију и имунологију
- Одељење за правне, економско-финансијске, техничке и друге сличне послове
- Одељење за правне и опште послове
- Одељење за економско-финансијске послове
- Одељење за јавне набавке
- Одељење за маркетинг и продају
- Одељење за техничке послове